Die Prozesse der BIMA Energie sind teilweise stark geruchsintensiv und erfolgen in einer warmen Umgebung. Wo möglich, werden Gerüche direkt an der Quelle erfasst und über eine Vorreinigung in die Abluftbehandlung überführt. Die besonders belastete Abluft wird zunächst gekühlt und anschliessend in Gegenstromwäschern mit Laugenlösung gewaschen, bevor sie durch einen Biofilter geleitet wird.

Die Produktionsbereiche und Hallen werden im Unterdruck betrieben. Diese Abluft wird mit der stark belasteten Luft zusammengeführt und ebenfalls über einen weiteren Gegenstromwäscher behandelt, bevor sie durch einen Biofilter kontrolliert an die Umwelt abgegeben wird. Die Abluft wird vom Amt für Umwelt des Kantons Thurgau regelmässig auf Schadstoffe und Geruchsemissionen überprüft.